Las aguas residuales en Francisco I. Madero son descargadas al aire libre, en un terreno ejidal ubicado a 7 kilómetros de la cabecera municipal, debido a la ausencia de una planta tratadora.

Las gestiones para la construcción de la planta se hicieron en enero de 2003, estando al frente del Ayuntamiento en aquel entonces José Luis Marrufo Álvarez, pero no se concretaron, por lo que fueron retomadas por la administración que preside su hijo, Cristóbal Marrufo.

El gerente del Sistema Municipal de Aguas y Saneamiento, Juan Antonio Marrufo, informó que a inicios de la administración el Simas retomó el proyecto de la planta tratadora y se comenzó con las gestiones correspondientes, toda vez que los municipios de San Pedro y Matamoros, lograron bajar recursos para la construcción de sus respectivas plantas.

"Solicitamos al Estado y la Federación, a través de la Comisión Nacional del Agua, el recurso para la construcción de una planta tratadora, porque las aguas negras las estamos descargando al aire libre, pero no hemos tenido respuesta", dijo.

Agregó que para el municipio sería de gran beneficio el tratamiento de las aguas negras, ya que actualmente son empleadas por campesinos del ejido Las Vegas para el riego de sus sembradíos. El proyecto original de la construcción de la planta de tratamiento del Municipio, contempla un área de diez hectáreas que se ubican en el ejido Las Vegas y una inversión superior a los 30 millones de pesos.