El proyecto hidroeléctrico Las Cruces promovido por la Comisión Federal de Electricidad amenaza a Marismas Nacionales, el sistema de manglares de importancia internacional y el más extenso del Pacífico Mexicano. Así lo alertaron el Consejo Intercomunitario del Río San Pedro, el Consejo Indígena Náyeri, Nuiwari, SuMar, la Asociación Interamericana para la Defensa del Ambiente, Grupo Ecológico el Manglar, y el Centro Mexicano de Derecho Ambiental, en el marco del Día Mundial de Acción en Defensa de los Ríos y en Contra de las Represas.

Al construir la cortina de la hidroeléctrica con una altura de 188 metros por 830 metros de largo, se impedirá que los maglares reciban el 90% de los sedimentos y de la materia orgánica que necesitan. De hecho, el mismo estudio de transporte de sedimentos presentado por la CFE concluye que "es evidente que con la construcción de una presa en el río San Pedro se retendrían en ésta grandes cantidades de sólidos suspendidos y de carbono orgánico, ambos elementos indispensables para mantener el equilibrio en los ecosistemas costeros, tanto marismas como manglares."

Fue a finales del año pasado cuando la CFE presentó ante la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales el proyecto hidroeléctrico de 790 GWh/año tendría un costo de siete mil 995 millones de pesos. La cortina pretende represar el río San Pedro Mezquital con un área 4,506 ha de embalse que inundaría 14 sitios sagrados y centros ceremoniales, pilar principal de la cultura Cora.

Marismas Nacionales es el sustento de una población de 20 mil aves acuáticas y refugio invernal para otras más de 100 aves migratorias. Se han reportado en el sitio más de 300 especies de animales, de las cuales 60 se encuentran en peligro de extinción, especialmente por sobreexplotación y destrucción del hábitat, y 51 son endémica. La actividad pesquera que depende del ecosistema de manglar en Marismas Nacionales genera para las comunidades locales entre 6.5 y 13.5 millones de dólares anuales.

En 2010, ante la petición de AIDA y el CEMDA, con el apoyo de Greenpeace, WildCoast, Conselva y la Red Manglar, la Convención Ramsar sobre los humedales emitió recomendaciones al gobierno mexicano sobre el daño potencial del proyecto hidroeléctrico a Marismas Nacionales. Estableció que "en el diseño de las obras de regulación hidráulica deberán garantizar el caudal mínimo requerido para mantener ambientalmente los cuerpos de agua de Marismas Nacionales".