El PADHPOT opera a través de una coordinación ejecutiva, dos ejes de acción y un comité técnico, cuyas funciones son las siguientes:
Coordinación Ejecutiva
Establece alianzas con actores estratégicos para asegurar la sostenibilidad del programa y organiza las acciones de las otras áreas de trabajo.
Brinda asesoría técnica y servicios de infraestructura básica con el objetivo de incrementar la eficiencia de los servicios de agua y saneamiento.
Impulsa la participación de una sociedad informada en la gestión de sus recursos hídricos mediante investigación, capacitación, rendición de cuentas y la formación de un Centro de Documentación Hídrica Municipal.
Comité Técnico
Supervisa la gestión de la unidad de proyecto para asegurar el cumplimiento de todas las acciones programadas. Está conformado por representantes de entidades federales, estatales, municipales y educativas para garantizar la transparencia de los recursos.