La bahía interior del lago Titicaca no solo está contaminada por aguas servidasde la red matriz de la Empresa Municipal de Saneamiento Ambiental (Emsa). Tambiénrecibe la descarga de 15 canales de aguas pluviales y más de 140 conexiones clandestinas. Cada desfogue a diario evacua agua contaminada con toda clase de  desechos.

Las desembocaduras están extendidas a lo largo de cuatro kilómetros, entre el muelle de Banchero Rossi y el inicio de la avenida Costanera, frente a la Universidad Nacional del Altiplano de Puno (UNA). Este tramo es la zona más visitada por turistas nacionales y extranjeros.

Los canales están conectados a conexiones clandestinas de desagües, cuando se supone que esta infraestructura debería de ser para el agua de lluvia. Emsa advirtió este problema mediante operativos. Sin embargo, no ha hecho casi nada para remediarlo.

 Varios hoteles y restaurantes también evacuan sus aguas servidas al lago. La Fiscalía Ambiental confirmó que a los  infractores se les inició proceso por agravar el deterioro del Titicaca. 

El hospital Manuel Núñez Butrón también es un agente contaminador muy peligroso. Sus desagües son vertidos sin ningún tipo de tratamiento a la red matriz que desemboca en el lago.

 El director del hospital, Julián Cuno, aseguró  que está en proyecto la instalación de una planta de tratamiento. Por ley cualquier residuo sanitario debería ser tratado antes de evacuarse a las redes matrices de desagües. Sólo el nosocomio III de EsSalud cumple ese procedimiento.

El biólogo Alfredo Ucharico advirtió que por todas las descargas que recibe el Titicaca, éste podría terminar contaminado completamente en no más de 20 años.  Si eso sucede, el turismo en Puno se vería afectado.

Cree que se debería hacer una limpieza permanente a los canales de drenaje y cerrar por completo las conexiones clandestinas de desagües, porque los desechos orgánicos son los más perjudiciales para la flora y fauna del lago.

Ucharico pidió implementar cuanto antes la construcción de una planta de tratamiento de las aguas servidas para menguar la contaminación del lago. El proyecto recién se encuentra en estudio de factibilidad a cargo de una consultora contratada por el municipio de Puno. Su ejecución fue promesa de campaña del alcalde Luis Butrón. 

Contrariamente a lo que se espera, Emsa Puno solo actúa sobre los canales de agua pluvial cuando hay obstrucción.  El lago está cada vez más contaminado.