Se da a conocer que la sobreexplotación de mantos acuíferos, la escasa instalación de plantas de tratamiento de aguas en industrias y el aumento de autorizaciones de cambios de uso de suelo en zonas forestales y agrícolas son los principales factores que ponen en riesgo el abastecimiento de agua en la capital y para el 2025 el acueducto no va a brindar el nivel suficiente. El acuífero de Querétaro es uno de los más explotados del país, debido a que el 70 por ciento del agua se utiliza en la zona urbana y el 20 por ciento en la agricultura.

Cabe mencionar que el acuífero de Querétaro cuenta con 239 pozos activos, de estos, 122 son utilizados para uso público urbano, 67 para uso agrícola, 45 para uso industrial, y el abastecimiento para la ciudad de Querétaro, La Cañada y los fraccionamientos Candiles y Tejeda se da por una extracción de mil 953 metros cúbicos por segundo a través de 57 pozos localizados en el centro y periferia de la ciudad.

El Acueducto II fue una obra planeada para surtir del vital líquido a los habitantes del municipio de Querétaro, sin embargo actualmente está demostrando que no es suficiente, esta sobreexplotación en el caso de Querétaro, ha venido generando hundimientos en distintas zonas del municipio.

Inclusive a la capital le surte el acuífero del Valle de Querétaro, el del Valle de Buenavista y el del Valle de Amazcala.Además es necesario implementar campañas ciudadanas que tengan por objetivo fomentar el manejo, separación y tratamiento del agua, y por supuesto la conservación de las Unidades de Gestión Ambiental, UGA's, que también están establecidas en los ordenamientos ecológicos del territorio sobre todo en el caso del municipio de Querétaro porque ellas fortalecen la cubierta vegetal y permiten la filtración del agua.